ورود آیت‌الله هاشمی رفسنجانی به عرصه مبارزات انتخاباتی مجلس ششم با هجمه شدیدی از سوی طیف تندروی اصلاح‌طلبان روبه‌رو شد. علی‌رغم میل اصلاح‌طلبان، مرحوم هاشمی رفسنجانی در انتخابات شرکت کرد و بعد از یک‌سری فعل و انفعال به عنوان نفر بیستم لیست تهران به مجلس شورای اسلامی راه پیدا کرد. البته آیت‌الله قبل از شروع کار مجلس ششم از حضور در مجلس انصراف داد.
دیدارنیوز ـ مسلم تهوری: «کسی که قدرت خود را از طریق غیردموکراتیک به دست آورده ورود او به مسابقه تشویش ایجاد می‌کند، لذا بهتر است چنین کسی از حق خود استفاده نکند و به دموکراتیک بودن مسابقه لطمه نزند». این جملات را عبدالکریم سروش در مورد هاشمی رفسنجانی قبل از انتخابات مجلس ششم گفته بود.
ورود مرحوم هاشمی رفسنجانی به عرصه مبارزات انتخاباتی مجلس ششم یک تفاوت بزرگ و اساسی با دفعات گذشته داشت. وی پیشتر بدون دغدغه و مخالف جدی و بعضا با سلام و صلوات کاندیدا می‌شد، اما داستان انتخابات سال ۷۸ به شکل دیگری رقم خورد. بسیاری همچون اکبر گنجی، عباس عبدی، محسن آرمین، رجبعلی مزروعی، بهزاد نبوی و سعید حجاریان در هفته‌های منتهی به انتخابات مجلس ششم، در نشریاتی چون صبح امروز، نشاط، عصر آزادگان، مشارکت و هفته‌نامه آبان، گرای توپخانه خود را روی هاشمی متمرکز کردند تا با تخریب همه جانبه شخصیت و کارنامه هاشمی، شانس حضور وی در مجلس را به حداقل برسانند.
عبدالکریم سروش که صراحتا از هاشمی رفسنجانی خواسته بود در انتخابات حضور پیدا نکند در گفت‌وگو با هفته‌نامه آبان افزود: «کسانی باید وارد انتخابات شوند که برجستگی خود را در مسابقه دموکراتیک کسب کرده‌اند در غیر این صورت ورودشان با اخلال همراه خواهد شد».
در آن روز‌ها نشریه ایران فردا در سرمقاله خود در نقد سیاست تعدیل اقتصادی دولت هاشمی رفسنجانی نوشت: «نتیجه قطعی و مشهود این سیاست، فقیرتر شدن عمومی کشور، وابستگی اقتصادی، بدهی خارجی، فقر و شکاف طبقاتی، عدم تحرک بخش خصوصی و تولیدی، گسترش فساد اخلاقی و بالاخره فاصله روز افزون حاکمان با حکومت شدگان می‌باشد».
این نشریه از هاشمی رفسنجانی خواست که به «داعیه صاحب نظران و اقتصاددانان» پاسخ دهد و از «عصبانی شدن و تهمت زدن» پرهیز کند.
سرمقاله «صبح امروز» نیز آن روز‌ها در نقد مصاحبه مطبوعاتی رفسنجانی نوشت: «آقای هاشمی در مصاحبه مطبوعاتی خویش همچون گذشته با کلی گویی، حاشیه روی و از موضعی فرامردمی و پدرسالارانه می‌کوشید از کنار مسائل و پرسش‌های مهمی که در جامعه وجود دارد به سادگی بگذرد... متأسفانه آقای هاشمی همچنان با همان نگاه و منطق سال‌های دور دوران فرماندهی جنگ، ریاست مجلس و ریاست جمهوری به جامعه و به مردم و به خبرنگاران می‌نگرد».
مطالب مزبور مشتی از خروار‌ها هجمه‌ای بود که در آن ایام از سوی طیف تندرو اصلاح‌طلبان به هاشمی رفسنجانی وارد می‌شد. در چنین فضای مسمومی هاشمی رفسنجانی در انتخابات حضور پیدا کرد و کارنامه و اعتبار خود را در معرض آرای مردم تهران قرار داد. در جوی که بعد از خرداد ۷۶ ایجاد شده بود شاید کمتر کسی روی اعتبار و وجهه خود چنین قمار می‌کرد، اما هاشمی رفسنجانی اعتقاد خود به انتخابات را نشان داد کما اینکه در سال‌های بعد نیز چنین کرد. وی در انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۴ نیز کاندیدا شد و حتی حاضر بود در انتخابات ریاست جمهوری ۹۲ نیز در صحنه انتخاباتی حضور پیدا کند، اما شورای نگهبان این اجازه را به مرحوم هاشمی نداد.
انتخابات تهران و ابطال صندوق‌های رأی
پس از انتخابات نیز شمارش و اعلام آرای تهران داستان مفصلی داشت. همگان منتظر اعلام نتایج و میزان رأی هاشمی رفسنجانی بودند. گمانه‌زنی‌ها در بدو امر حکایت از این داشت که هاشمی رفسنجانی در رتبه ۳۱ قرار گرفته، این رتبه در‌های بسته مجلس را به هاشمی نشان می‌داد، اما در نهایت به عنوان نفر آخر وارد مجلس شورای اسلامی شد. بعد از بازشماری تعدادی از صندوق‌های رأی و ابطال آن‌ها هاشمی رفسنجانی به عنوان نفر بیستم لیست تهران انتخاب شد.
سید مصطفی موسوی لاری فرزند وزیر کشور دولت خاتمی در مورد شمارش آرای تهران در انتخابات مجلس ششم و جایگاه هاشمی رفسنجانی می‌گوید: نتایج تهران دیرتر از دیگر شهر‌ها مشخص می‌شد و دغدغه بیشتر مسئولان وزارت کشور حضور یا عدم حضور هاشمی رفسنجانی در مجلس بود. خاطرم هست به دفتر ابوی وارد شدم و متوجه شدم آخرین لیست تهران را در دست دارند. به سرعت خودم را به ایشان رساندم و به لیست نگاه کردم. آقای تاجزاده که با حالتی عصبی در حال قدم زدن در اتاق بود، ناگهان برگشت و به من گفت: تو نگاه نکن! ابوی ناخودآگاه با این حرف لیست را از چشم من دور کرد. خنده ام گرفت و متعجب نگاه کردم. آقای تاجزاده گفت: اول از همه به انتهای لیست نگاه کردی، می‌خواستی ببینی آقای هاشمی کجاست. در آن مقطع زمانی، ایشان نفر ۳۱ شده بودند و آقای تاجزاده و وزیر کشور بسیار نگران بودند. در نهایت آقای هاشمی نفر ۳۰ تهران شدند و بعد با ابطال بخشی از آرا، ایشان به نفر ۲۰ صعود کردند و سپس از حضور در مجلس انصراف دادند.
طیف تندرو اصلاح‌طلبان از ماجرای انتخابات مجلس ششم و انتخاب شدن هاشمی به هیچ‌وجه راضی نبود؛ آن‌ها به واسطه انبوه نشریات خود و انتشار کتاب‌هایی ـ با کمک یا سکوت و همراهی وزارت ارشاد ـ هاشمی را تبدیل به عالیجناب سرخپوش قتل‌های زنجیره‌ای کرده بودند و در انتخابات هم به او لقب «آغاسی» دادند.
محسن هاشمی پیرامون شمارش آرای مجلس ششم و تقلب‌های صورت گرفته به روزنامه بهار گفت: «ایشان (مرحوم هاشمی) در انتخابات مجلس ششم بیستم شد، اگر صندوق‌ها را باز می‌کردیم شاید انتخابات تهران باطل می‌شد. کتابی هست به نام انصراف که حاج آقا دلایل انصراف‌شان را از انتخابات مجلس ششم نوشته‌اند. آن موقع مسئول انتخابات تاجزاده فهرست را می‌خواند، ولی اسم ایشان را نمی‌خواند. من مدام تماس گرفتم و گفتم چرا نمی‌خوانید؟ گفت: ما هنوز به رأی آیت‌الله هاشمی شک داریم. بعد شکایت شد و یک بساطی راه انداختند که اگر یادتان باشد کاریکاتور آغاسی را کشیدند. من آن موقع رئیس دفتر حاج آقا بودم، به شورای نگهبان شکایت شد. برخی از صندوق‌ها را باز کردند و هر صندوقی که باز می‌شد آرای آن مخدوش بود و باطل اعلام می‌شد. تا ۳۰ درصد بازشماری شد و حاج آقا بیستم شد، بعد گفتند دیگر ادامه ندهید، چون مجبور می‌شوند انتخابات تهران را باطل کنند. وقتی از ۳۰ به ۲۰ رسیدند دیدند انتخابات در تهران مخدوش است، افراطی‌های اصلاح‌طلبان و اجرایی‌های آن‌ها تقلب کرده بودند».
چرایی انصراف از مجلس ششم
با وجود تمام کشمکش‌هایی که ایجاد شد مرحوم هاشمی رفسنجانی به عنوان نفر بیستم لیست تهران به مجلس راه پیدا کرد منتهی از حضور در مجلس انصراف داد. دلایل متعددی می‌توان برای انصراف مرحوم هاشمی از مجلس برشمرد. یکی از علل انصراف به واسطه جو مجلس ششم و جایگاه احتمالی هاشمی در مجلس بود. در این‌باره محمدرضا باهنر سیاستمدار اصولگرا در مورد استعفای هاشمی رفسنجانی از مجلس ششم چنین می‌گوید: «یکی از سران اصلاح‌طلب (حجاریان) به ما پیام داد یا هاشمی را از لیست‌تان بر می‌دارید یا همه‌تان را به دریا می‌فرستیم. ما هاشمی را در لیست قرار دادیم بعد از انتخابات و قبل از شروع مجلس آقای هاشمی بنده را از جریان راست سنتی و آقای حسین مرعشی را از جریان چپ و اصلاح‌طلب خواست و گفت یک بررسی کنید ببینید وضعیت من در مجلس چگونه است ما هم یک هفته‌ای بررسی کردیم نهایتا بنده به ایشان گفتم شما در مجلس ششم قطعا رئیس نخواهید شد و هیچ راهی ندارد که ما بتوانیم کاری کنیم که شما رئیس شوید. آقای مرعشی نیز نظرشان با یک مقدار اختلاف همین بود، ایشان هم معتقد بود شما رئیس نخواهید شد، ولی اگر زور بزنیم احتمالش وجود دارد. آقای هاشمی گزارش ما دو نفر را شنید و پشیمان شد، شاید اگر به مجلس می‌رفت به مانند اعتبارنامه حداد عادل چند ماهی معطل می‌شد».
علی‌رغم تلاش اصلاح‌طلبان جهت تخریب وجهه هاشمی، وی در انتخابات شرکت کرد و مجوز ورود به مجلس شورای اسلامی را به دست آورد؛ اما وجود شخصیتی همچون هاشمی رفسنجانی برای اصلاح‌طلبان قابل تحمل نبود؛ لذا فضایی ایجاد شد که مرحوم هاشمی عطای مجلس را به لقایش بخشید و انصراف خود را اعلام کرد.