با هر بار، باز و بسته شدن جریان آب در رودخانه زاینده رود اصفهان مشکلات زیادی در این منطقه به وجود می‌آید. فرونشست زمین در اصفهان، خسارت به پل‌های تاریخی، خسارت به کشاورزان، تغییر اکوسیستم، نابودی پرنده‌های مهاجر وآبزیان ونابودی باتلاق بین المللی گاو خونی حاصل باز و بسته شدن آب در این رودخانه است.