در پیام رهبر انقلاب برای رحلت آیت‌الله گلپایگانی آمده است: قریحه شعری، حافظه تاریخی، پرداختن به مسائل اجتماعی از دیگر ابعاد شخصیت این عالم کهنسال و بزرگوار بود. رحلت ایشان برای جامعه علمیِ دینیِ کشور مایه‌ی تأسف است.
دیدارنیوز: رهبر انقلاب در پی رحلت آیت‌الله حاج شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی، پیامی صادر کردند.
متن پیام حضرت آیت الله خامنه‌ای رهبر انقلاب اسلامی بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تاسف خبر درگذشت فقیه عالی‌مقام و مرجع بصیر، حضرت آیة الله آقای حاج شیخ لطف الله صافی گلپایگانی رضوان الله علیه را دریافت کردم. ایشان از استوانه‌های حوزه علمیه قم و از برجستگان علمی و عملی و پر سابقه‌ترین عالم دینی در آن حوزه‌ی مبارک بودند.
در دوران مرحوم آیة الله بروجردی در شمار برترین تلامذه‌ی آن استاد بزرگ، در زمان مرحوم آیة الله سید محمدرضا گلپایگانی همراه و مشاور علمی و عملی ایشان و در دوران انقلاب، امین و مورد اعتماد حضرت امام خمینی رحمة الله علیهم به شمار می‌رفتند. سال‌ها در شورای نگهبان رکن اصلی آن شورا محسوب می‌شدند و پس از آن هم همواره درباره مسائل انقلاب و کشور، دلسوزانه و مسئولانه ورود می‌کردند و بار‌ها اینجانب را از نظرات و مشورت‌های خود مطلع و بهره‌مند می‌ساختند.
قریحه شعری، حافظه تاریخی، پرداختن به مسائل اجتماعی از دیگر ابعاد شخصیت این عالم کهنسال و بزرگوار بود. رحلت ایشان برای جامعه علمیِ دینیِ کشور مایه‌ی تأسف است. اینجانب به خاندان مکرّم و فرزندان گرامی ایشان و نیز به مراجع معظم و علمای اعلام حوزه‌یعلمیه و مقلدان و ارادتمندان ایشان به‌ویژه در قم و گلپایگان تسلیت عرض می‌کنم و رحمت و مغفرت الهی را برای ایشان مسألت می‌نمایم.
سیّدعلی خامنه‌ای