هسته‌های پژوهشی دانشگاه زابل با موضوعاتی، چون زیتون، مدیریت منابع آب، تغییر اقلیم و ریزگردها، پرورش شتر، انرژی‌های تجدیدپذیر، بازاریابی، تبادلات مرزی و گردشگری و سیستان‌شناسی تشکیل شده است.