سیدعلی خمینی ، در مراسم میلاد حضرت فاطمه زهرا (س) با بیان اینکه ولایت فقیه در مقام حقوقی و فقهی هست و منافاتی با خادم بودن فقیه ندارد، گفت: این که مسئول جمهوری اسلامی با پیکان بیاید و با بنز برود جزو وعده‌ها نبود.

خاندان خمینی با علمای ملا و باسوادی که اکنون در آن حضور دارند، قطعا در آینده علمی و فقهی و فرهنگی حوزه‌های علمیه تشیع، تاثیرگذارند. سیدعلی خمینی با هجرت به نجف، یک فرصت بزرگ برای خود فراهم کرده است تا در کنار مراجع بزرگ تقلید نجف، سنت فقهی نجف را درک کند و برای آینده‌ امکان اثرگذاری بیشتری داشته باشد.