دادگاه ویژه روحانیت از بدو تأسیس، موافقان و مخالفانی داشت و این اختلاف نظر تاکنون نیز ادامه دارد. در تازه‌ترین اظهار نظر، علی مطهری طی نامه‌ای به رئیس قوه‌قضائیه می‌گوید به نظر اینجانب اساسا ضرورت دادگاه ویژه روحانیت به اوایل انقلاب برمی‌گردد و معلوم نیست امروز دادگاه خاص برای روحانیت که انسان را به یاد حکومت طبقاتی ساسانیان می‌اندازد به صلاح کشور باشد.
دیدارنیوز ـ مسلم تهوری: پس از انتصاب حجت‌الاسلام سید ابراهیم رئیسی به ریاست قوه‌قضائیه، علی مطهری طی نامه‌ای ضمن آرزوی موفقیت برای وی در این مسئولیت خطیر ۵ نکته را متذکر شد. یکی از نکاتی که علی مطهری بدان اشاره داشت در رابطه با دادگاه ویژه روحانیت است. وی در این‌باره نوشت:
«گرچه دادگاه ویژه روحانیت زیر مجموعه قوه قضائیه نیست، ولی فعلاً جناب‌عالی دادستان این دادگاه هستید. فرصت را مغتنم شمرده به عرض می‌رساند که این دادگاه پس از حدود دو سال هنوز به شکایت اینجانب از دادستان مشهد به خاطر ممانعت از سخنرانی این بنده در روز اربعین پاسخی نداده است. دادستان مذکور زمانی درس طلبگی خوانده و ملبس به لباس روحانیت نیست. معلوم نیست چرا پرونده‌اش به دادگاه ویژه روحانیت رفته است. به نظر اینجانب اساساً ضرورت دادگاه ویژه روحانیت به اوایل انقلاب برمی‌گردد و معلوم نیست امروز دادگاه خاص برای روحانیت که انسان را به یاد حکومت طبقاتی ساسانیان می‌اندازد به صلاح کشور باشد. اگر کسی از یک روحانی شکایت داشته باشد فقط باید به این دادگاه مراجعه کند و صرفاً می‌تواند از وکلای مشخص روحانی استفاده کند. این امر حق آزادی افراد در انتخاب وکیل را از بین برده است. به نظر می‌رسد که نظام جمهوری اسلامی باید درباره این موضوع تصمیم بگیرد».
دیدگاه موافقان و مخالفان دادگاه ویژه روحانیت
از بدو پیدایش دادگاه ویژه روحانیت، همواره گروهی مخالف و گروهی نیز موافق شکل‌گیری و ادامه حیات این دادگاه بوده‌اند. موافقان دادگاه ویژه معتقدند پس از پیروزی انقلاب اسلامی و قدرت گرفتن روحانیت، بعضا دستگاه قضائی جرأت برخورد با روحانیون متخلف و به تعبیر امام راحل(ره) روحانی نمایان و دین به دنیا فروشان را نداشت. در حقیقت دستگاه قضائی، مرعوب قدرت روحانیون بود و توان مقابله با تخلف‌های آن‌ها را نداشت. از این‌رو، حکومت احساس کرد باید دادگاهی از جنس خود روحانیون تشکلیل شود که ابائی از برخورد با آنان نداشته باشد.
همچنین باید توجه داشت که دادگاه ویژه روحانیت، درپی قائل شدن امتیازی ویژه برای روحانیت نبوده، بلکه این دادگاه درصدد برخورد سختگیرانه و شدیدتر با تخلفات ارتکابی از سوی برخی روحانیون و پرهیز از ملاحظات سیاسی در رسیدگی به جرایم آن‌ها و به‌عبارت دیگر، ایجاد امنیت قضایی است. به علاوه آنکه این دادگاه ملزم به رعایت شأن و شئونات روحانیون نیز بوده و این نکته در حکمی که امام خمینی در خرداد سال ۱۳۶۶ به علی فلاحیان به‌عنوان رئیس دادسرای ویژه روحانیت دادند نیز آمده است: «نظر به حفظ و لزوم شئون روحانیت و حوزه‌های علمیه، جناب‌عالی را با حفظ سمت، به‌عنوان دادستان دادسرای ویژه روحانیت منصوب می‌نمایم؛ تا بر طبق موازین شرع مقدس، به جرایم روحانی‌نمایان و دین به دنیافروشان رسیدگی نمایید».
مخالفان دادگاه ویژه نیز اشکالاتی را متوجه این دادگاه می‌کنند که در موارد زیر، خلاصه می شود:
۱. نه تنها در متن قانون اساسی جمهوری اسلامی، تشکیل و فعالیت چنین دادگاه‌هایی پیش‌بینی نشده است؛ بلکه حتی مجلس شورای اسلامی نیز درباره آن هیچ قانون و مصوبه‌ای ندارد.
۲. دادگاه ویژه روحانیت مصداق بارز و نمونه بی‌بدیل دادگاه مستقل از دادگستری است. این دادگاه از نظر تصویب آیین‌نامه‌ها نیز از مجلس شورای اسلامی تبعیت نمی‌کند. به‌عبارت دیگر دادگاه ویژه از نظر عملکرد، مستقل از قوه قضائیه و از نظر تصویب مقررات آیین دادرسی، مستقل از قوه مقننه است.
۳. بر پایه تمامی اصول حقوقی، از جمله اصل۱۶۶ قانون اساسی ایران، آرای دادگاه‌ها باید مستدل و مستند به «موازین قانونی» باشند. «اصل قانونی بودن جرم و مجازات» اقتضا می‌کند که تنها بر اساس آن دسته از رفتار‌هایی که در متن روشن قانون برای آن‌ها «مجازات» تعیین شده است؛ دادگاه‌ها حکم دهند. با این حال، دادگاه‌های «ویژه روحانیت» این اختیار را دارند که بر اساس اموری که خودشان «خلاف شأن» تشخیص می‌دهند ـ حتی اگر آن عمل برای سایرین هم جرم نباشد ـ حکم صادر کنند. (تبصره ماده ۱۸ آئین‌نامه)
۴. از دیگر ایراد‌های حقوقی که بر فعالیت‌های دادگاه‌های روحانیت وارد می‌شود این است که «حق گرفتن وکیل اختیاری» از متهمان سلب شده است. بر پایه اصل ۳۵ قانون اساسی، تمامی طرفین یک دادگاه باید بتوانند وکیل اختیاری داشته باشند. با این حال و به رغم آنکه دادگاه ویژه روحانیت، صالح به رسیدگی به اتهام‌های بسیاری سنگینی، حتی با مجازات اعدام است؛ حق برخورداری از وکیل انتخابی از متهمان گرفته شده است. به این معنا که خود دادگاه‌ها، وکلایی تسخیری تعیین می‌کنند که حتماً هم باید روحانی باشند.
اشکالاتی از این دست موجب مخالفت بسیاری با دادگاه ویژه روحانیت شده است و در این بین، عده‌ای نیز همچون علی مطهری اساسا فلسفه وجودی دادگاه ویژه روحانیت را زیر سؤال می‌برند و معتقدند اگر در اوایل انقلاب، وجود دادگاهی اینچنینی نیاز بوده امروز دیگر لزومی ندارد که روحانیون متخلف در دادگاهی خاص محاکمه شوند. امری که به این سهولت نمی‌توان رد یا قبولش کرد و احتیاج به بررسی دقیق‌تر و کارشناسی توسط افراد خبره دارد.
با تمام این تفاصیل به نظر می‌رسد چنانچه متولیان امر، وجود دادگاه ویژه روحانیت را لازم و ضروری بدانند می‌توان اصلاحاتی در آن پدید آورد و بسیاری از اشکالات موجود را برطرف نمود. از آن جمله اینکه اولا می‌بایست در قانون اساسی، دادگاه ویژه روحانیت را به رسمیت شناخت تا مشکل قانونی این دادگاه حل شود؛ ثانیا اصول مسلم حقوقی در این دادگاه به رسمیت شناخته شود. اصولی همچون اصل قانونی بودن جرم و مجازات و حق گرفتن وکیل اختیاری و سرانجام آنکه مسئولان دادگاه ویژه روحانیت خود را ملزم به پاسخگویی به افکار عمومی نمی‌دانند که اگر پاسخگو بودند بسیاری از شبهات در جامعه پدید نمی‌آمد.
