محسن اراکی کمیسیون دیگری است که از این کمیسیون به «کمیسیون تحقیق» تعبیر می‌شود؛ کمیسیون ویژه‌ای است و وظیفه‌اش این است که تمام کسانی که در معرض واجدیّت شرایط رهبری باشند را شناسایی کند و لیستی از آن‌ها تهیه کند. این لیست به این کمیسیون داده می‌شود. حتی خود اعضای مجلس خبرگان می‌توانند پیشنهادات خود را بدهند. این لیست بررسی می‌شود و افرادی را که واجد شرایط رهبری برای آینده بدانند،‌ این افراد به طور خیلی سرّی و محرمانه، اسم‌شان ثبت خواهد شد تا هر وقت مورد نیاز باشد به مجلس خبرگان عرضه شود تا مجلس خبرگان درباره آن‌ها اظهارنظر کند. با توجه به تجربه ناموفقی هم که در گذشته از مسئله اعلام قائم مقام رهبری به‌وجود آمده، تصمیم گرفته شده در کمیسیون ویژه‌ای که وجود دارد،‌ فقط ۳ نفر این اسامی را نزد خودشان نگه دارند و از دایره این کمیسیون ۳ نفره خارج نشود.